Žiaci so zdravotným znevýhodnením (ZZ) môžu mať upravené podmienky na vykonanie MS. Podľa upravených podmienok môže maturovať žiak špeciálnej školy, žiak špeciálnej triedy a žiak so ZZ v triede strednej školy vzdelávaný spolu s ostatnými žiakmi formou školskej integrácie (začlenenia).

Úpravy sa vzťahujú na jednotlivé časti MS, na cieľové požiadavky na vedomosti a zručnosti maturantov z jednotlivých predmetov, na externé testy, písomné práce a maturitné zadania. Úpravy sa týkajú predĺženia časového limitu pri riešení úloh testov EČ MS, úpravy alebo nahradenia niektorých úloh, grafickej úpravy testov EČ MS (zväčšenie písma, iná grafická úprava a formát úloh testu, iný spôsob záznamu odpovede), prítomnosti tlmočníka posunkovej reči a asistenta. Uvedené sú v V. časti prílohy Vyhl. č. 224/2022 Z.z. v znení
neskorších predpisov. Žiaci so ZZ, na ktorých sa úpravy vzťahujú, sú žiaci so sluchovým postihnutím, so zrakovým postihnutím, s telesným postihnutím, chorí a zdravotne oslabení, s vývinovými poruchami učenia, s poruchami aktivity a pozornosti, s poruchami správania, s narušenou komunikačnou schopnosťou, s autizmom alebo ďalšími pervazívnymi vývinovými poruchami, s viacnásobným postihnutím.

Žiak so ZZ pri prihlasovaní na MS v prílohe oznámi spôsob vykonania MS. V prílohe sú uvedené osobné údaje žiaka, požadované úpravy a odborný posudok odborníka (lekára, špeciálneho pedagóga alebo psychológa) z CPPP a P, CŠPPaP, ktorý má žiaka so ZZ vo svojej odbornej starostlivosti. Žiak s vývinovými poruchami učenia alebo so sluchovým postihnutím môže z predmetu zo skupiny cudzích jazykov konať len ÚFIČ MS. Žiak so sluchovým postihnutím si môže od 01.09.´20 namiesto predmetu zo skupiny CJ zvoliť jeden z predmetov MAT alebo OBN. Test EČ MS z cudzieho jazyka pre žiaka so sluchovým postihnutím  neobsahuje úlohy na počúvanie s porozumením. V prípade, že žiak napriek sluchovému  postihnutiu chce, aby test EČ MS z cudzieho jazyka obsahoval aj časť počúvanie s porozumením, je potrebné túto požiadavku uviesť pri prihlasovaní žiaka na MS do maturitnej databázy. Spôsob testovania a spôsob úpravy testov zohľadňujú aj spôsob vzdelávania žiaka počas jeho štúdia.